23 nationale Assoziationen und Priorate des Malteserordens sind derzeit Mitglied von Malteser International.

Gemeinsam mit dem Präsidium, dem Generalsekretär und seinem Stellvertreter sowie dem Geistlichen Begleiter von Malteser International bilden sie die Mitgliederversammlung, die mindestens einmal im Jahr durch den Präsidenten einberufen wird. Ihre Aufgabe liegt insbesondere in der Wahl und der Entlastung des ehrenamtlich tätigen Präsidiums, der Entgegennahme des Jahresabschlusses sowie der Genehmigung der jährlichen Haushaltsplanung.

Das Präsidium von Malteser International besteht aus dem Präsidenten und bis zu sechs Vizepräsidenten, von denen einer die Position des „Financial Supervisor“ innehat. Der Präsident und mindestens vier weitere Mitglieder des Präsidiums müssen Mitglieder des Malteserordens sein. Das Präsidium ist zuständig für die strategische Ausrichtung und trägt die Gesamtverantwortung im Rahmen der mit dem Malteser Hilfsdienst e.V. schriftlich getroffenen Vereinbarungen. Es kommt mindestens viermal jährlich zu Sitzungen zusammen und arbeitet rein ehrenamtlich. Nach ihrer ersten Amtszeit wurden alle Mitglieder des Präsidiums, nachdem sie sich auch zu einem weiteren Engagement bereit erklärt hatten, am 5. Mai 2009 einstimmig von der Mitgliederversammlung für weitere vier Jahre gewählt. Die Position des sechsten Vizepräsidenten übernahm 2009 mit Michael Khoo ein Vertreter der Region Asien/Pazifik.

Der hauptamtlich tätige Generalsekretär leitet die operativen Aktivitäten von Malteser International im Rahmen des verabschiedeten Budgets und der Strategie von Malteser International. Er bereitet die Sitzungen des Präsidiums vor und nimmt mit beratender Stimme an ihnen teil. Fast 1.000 Mitarbeiter – davon rund 900 lokale Fachkräfte – sind derzeit in rund 20 Ländern weltweit tätig, unterstützt durch etwa 40 Kollegen in der Kölner Zentrale.