In den folgenden zwei Jahren kehrten etwa 40 Prozent der Binnenvertriebenen nach Hause zurück. Mit dem Wiederaufflammen der Kämpfe im Jahr 2006 wurde das Vanni vom Rest des Landes abgeschnitten und der Kontrolle der LTTE unterstellt. Von 2006 bis 2007 trug der Konflikt erneut zur Flucht von etwa 70.000 Menschen nach Südindien bei, rund 460.000 Menschen galten zu diesem Zeitpunkt als Binnenvertriebene. Bedingt durch die intensiven Kampfhandlungen im Norden Sri Lankas wurden viele Häuser sowie infrastrukturelle Einrichtungen beschädigt oder völlig zerstört.

Die letzte Phase der Kriegshandlungen war durch einen hohen Grad an Gewalt, Zerstörung und Vertreibung gekennzeichnet. Mit dem Ende der militärischen Operationen im Mai 2009 wurden alle Binnenvertriebene in geschlossene Camps in Vavuniya, Jaffna, Trincomalee und Mannar verbracht. Die Mehrheit - etwa 263.000 Menschen - wurde im Camp Menik Farm, im Vavuniya Distrikt, unter militärischer Kontrolle festgehalten. Die srilankische Regierung leistete mit umfangreicher Unterstützung von Hilfsorganisationen und der Vereinten Nationen Nothilfe in den Bereichen Unterkunft, Nahrung sowie Wasser- und Sanitärversorgung für die in den Camps lebenden Menschen.

Im Herbst 2009 leitete die srilankische Regierung den Rücksiedlungsprozess ein. 142.772 Menschen sind in ihre Heimatdistrikte (Jaffna, Vavuniya, Mannar, Trincomalee, Batticaloa, Mullaitivu, Kilinochchi, Ampara, Kandy und Polonnaruwa) zurückgekehrt, während 92.791 Binnenvertriebene bei Gastfamilien untergekommen sind; 1.192 Menschen leben in sozialen Einrichtungen. Die nun zurückgekehrten Familien fanden ihre ehemaligen Häuser nur noch zerstört vor. Unter- und Mangelernährung sowie der Zugang zu sauberem Trinkwasser sind die Hauptprobleme der Bevölkerung im Vanni. Sanitäre Einrichtungen sind gar nicht oder nur unzureichend vorhanden. Viele Schulen, Krankenhäuser und Gesundheitszentren sind in äußerst desolatem Zustand.